时光飞逝，岁月流转，距林林化作巨树封印土魔兽已过了整整十年。十年间，由于地脉灵气井被林林所化巨树占据，地脉灵气和罡气溢出速度变缓，与桃源村村民修炼消耗灵气的速度达到一个暂时的平衡，使得桃树林的面积不在扩大。因这里多出许多参天大树，渐渐被人们称为“神木林”，最大的一棵巨树被称为“巨木神树”。

素灵一直待在桃源村，教村民修习“五蕴桃花诀”。青灵则带着灵月、林念祖和林念玉回到青云观修行，临走前给素灵留下一个“桃源秘药”的药方，利用阴阵中的药草和雨阵中的美酒做出灵药，加入桃源村村民凝结出的果实做药引，可以让人族化为桃树妖，不过必须得化妖之人心甘情愿，否则便会失败。槐树妖老三终于恢复了灵识，正式化形，林雷给他取名林震。二人搬离了桃源村，住在林林所化巨木神树的树洞之中。林雷以“天雷锻体术”为基础，结合当初与重楼对战的经验，自创功法“九天御雷决”，并将功法传授给了林震和所收弟子们，偶尔素灵也会过来教给林震等人一些术法，毕竟林雷的弟子也是桃源村村民。林震似乎很崇拜素灵，视其为自己修炼的目标，所以当林雷发现林震凝结的本命法器也是柄木剑而非棍棒时，满心全是无奈，素灵却很高兴，还教了林震许多御剑法术。

韩珏因为没有修仙的资质，当初只随青灵学习了医术后便外出游历，后来定居在白河村，并在那里娶妻生子，儿子从小跟他学习医术，现在已是小有所成。灵月在青云观修行了一段时间后开始下山游历，寻找自创功法的机缘。林念玉见师姐下山，就对师父青灵一阵软磨硬泡，最后得到首肯，能和灵月一起下山，林念祖则留在青云观继续修炼青云决。

她们先是走到了桃源村，拜见了素灵和林雷。林雷得知灵月和林念玉正在游历途中，表示正好林震修炼术法有段时间了，也需外出见见世面，便让林震和她们同行。临行时，因林震素爱饮酒，林雷将雨阵中的“酒葫芦”交给林震，并告诫他不要去蜀山境内。

林震自号“木道人”，虽说按辈分是灵月和林念玉的叔叔辈，但一来林震是妖族，其实对辈分并不在意，二来灵月开始修炼青云决时，林震还未化形，所以她也无法完全视林震为长辈。三人游历了许多地方，途中与人族和妖族都有过交手，也结交了几个知心朋友。只是林震听从林雷的告诫，一直未带灵月她们去蜀山附近。最后三人在海外发现了一座灵气聚集的岛屿，灵月似有所感，决定在此修炼，以求能成功自创功法。林震留下帮她一起修建住所，还将这个海岛命名为仙灵岛。林念玉则开始了自己一个人的游历旅程。

几个月后，林震和灵月收到素灵传信，让他们速速赶回桃源村。二人不知出了何事，急忙飞回桃树林，发现青灵与林念祖也已赶到。原来，林念玉独自一人离开仙灵岛后，去了自己一直想去的蜀山境内，遇到了正探寻先祖巴蜀大盗李寒空事迹的李三思。两人结伴同行，同甘共苦，终于日久生情，李三思打算向林念玉的家人提亲。林念玉传信给师父青灵，并告知师父自己一直未和李三思提起过自己是修行者之事。青灵与素灵、林雷商量过后，传信给林念玉，让她带李三思到江南的一个小镇寻亲。青灵则和林念祖、月灵、林震提前到小镇大肆购买田产，建造屋舍。待林念玉和李三思来到小镇后，青灵自称是林念玉的寡母，并以自家乃江南富商、武林世家，与李三思门不当户不对为由，拒绝了李三思的提亲。李三思无奈，只得找师父景天出马替他再次提亲。鉴于景天前世曾经拥有的青云派弟子身份，青灵最终还是答应将林念玉嫁于李三思。林念玉和李三思婚后结伴行走江湖，好不快意。

白云苍狗，沧海桑田。时间一晃而逝，转眼间，又是十九年过去了。这天，苗疆境内的白苗人和黑苗人全都欢天喜地，喜笑颜开。因为白苗族的大祭司今天要嫁给黑苗族的王子，自此白苗黑苗两族人成为一家，不会再有苗人因族人间的战争而妻离子散、家破人亡。

大理境内神树林巨木神树下，一个身穿青色道袍的美貌女子就地闭目打坐。离她不远的桃树林边缘，一对做道士打扮的男女正看着这里相互交谈。道士言道：“青灵姐又来看大哥了。”道姑回道：“是啊，每年这个时候师父都要来木灵师伯这里打坐。”二人对视一眼，齐声叹了口气，这二人正是林震和灵月。林震转身看着灵月道：“你朋友今日大婚，你不去看看她吗？”灵月闻言又是一声叹息：“黑苗王子绝非青儿良配，她是为了族人牺牲自己。今天我就不过去了，去了也只是徒增烦恼，只盼那个黑苗王子将来能好好待青儿。”

灵月在仙灵岛参悟十年，终于成功自创功法“水月心决”。回到青云观，青灵想让灵月继承掌门之位，但灵月拒绝，说自己想在仙灵岛建一个能收留世间可怜女子的门派。青灵无奈只得答应，后来灵月回到仙灵岛，将住所改为水月宫，自己开始四处游历，寻机收徒，人称“水月宫主”。白苗族大祭司林青儿就是她游历途中结交的好友。

林震问灵月：“说实话，你能和那个白苗女祭司成为好友，有没有她名字的原因？”月灵想了想，看着远方打坐的身影，幽幽地说道：“可能吧。师父的‘青’字加上师伯的‘林’字，我初次知道她名字时，只觉得冥冥之中，似是天意让我结识此人。不过之后我俩是经过深入了解才能结为知己的。”林震发现灵月情绪有些低落，知道自己触动了她的心事，便故意扯开话题道：“话说念玉和李三思的儿子已经一岁多了，现在寄养在余杭盛渔村李三思弟弟家里。有时间咱们去看看他，反正离你的仙灵岛又不远。”灵月笑道：“好啊。我也正想去看看逍遥那小子呢，也不知道现在长胖了没有。”说着灵月仿佛想到了什么，似笑非笑的看着林震：“我听说某人把‘酒葫芦’给了蜀山派一个叫司徒钟的酒鬼道士，惹得雷叔大怒，正被罚闭门思过，怎么会有时间陪我去余杭呢？”林震急忙道：“只是被罚在雷阵修炼十个时辰而已，对我来说很轻松的。你不知道，那个司徒钟真的是个很有意思的人。我俩是不打不相识，他和我一样嗜酒如命，还打算自创一个用酒做媒介发动的绝招……”两人说着进入了桃树林。听见两人走远的脚步声，闭着眼睛的青灵舒了口气，睁眼抬头看着参天巨树，无奈的笑了笑，静下心继续闭目打坐。暖暖的阳光照射着一人一树，给他们的身影打上了薄薄的光晕，静静的神木林中，云止风息，万籁俱寂。

大婚后，黑苗王子继位为巫王，林青儿成为巫后。一年后他们的女儿诞生。又过了四年，李三思为救名捕铁臂神鹰皇甫英，瞒着林念玉，独自一人远赴苗疆偷取毒龙胆并盗走苗人的圣物水灵珠。李三思将水灵珠给予儿时的李逍遥，自己去见林念玉后因苗人诅咒发作而陷入昏迷。林念玉急忙将李三思带到青云观，求师父青灵真人帮忙。青灵参考当初魔尊重楼传授给他们用来恢复林震神识的法阵，在青云观的后山布下了一个小型的弱化版本，用灵气来消除李三思所中诅咒。未免李三思的意识被阵法灵气冲散，林念玉也进入阵中对灵气的强度进行操控，用了十年才将李三思治好。十年间江湖传说南盗侠夫妇已中诅咒身亡。

继李三思苗疆盗宝后过了三年，因水魔兽苏醒，南诏国大水泛滥。拜月教主趁机诬陷巫后林青儿为亡国妖孽，蛊惑巫王将其囚禁。幸好一位少年游侠将巫后救出，就在巫后为救苗疆准备舍身与水魔兽同归于尽时，得少年游侠传信的水月宫主灵月和木道人林震及时赶到，阻止了巫后自尽，并用从桃源村阳阵带来的“沙葫芦”将水魔兽封印成石像。随后灵月将林青儿和她女儿以及侍女姜氏带回到仙灵岛水月宫，林青儿将自己的女儿改名赵灵儿。

林震来到余杭盛渔村，护送李三思之子李逍遥到青云观找舅舅林念祖，林念祖想到姐姐姐夫的现状，心疼外甥，请示过青灵后将李逍遥收入门下。李逍遥正式成为青云观第二十六代弟子，在观内修行，却不知道父母就在后山的法阵内去除诅咒。

五年后，灵月暗疾突发，寿元将尽，快要临终时，林震从桃源村赶到水月宫，并带来了“桃源秘药”和药引。在林震的真情恳求下，灵月喝下秘药，变为桃树妖，并传位林青儿为新任水月宫主。灵月和林震前往青云观拜见师父青灵真人后，隐居于苗疆桃源村，不在外出。

又过了两年，青灵将青云派掌门之位传于林念祖，自己入后山闭关苦修。林念玉帮李三思清除了诅咒，从法阵中出来，见到了在青云观修行的李逍遥，一家人终于重逢。

三年后，苗疆石长老传信于水月宫，明言巫王重病将逝，临终前想见见自己唯一的女儿，林青儿不愿再见到巫王，恰好李逍遥奉师命下山游历，来水月宫拜见宫主。林青儿便委托李逍遥带赵灵儿去苗疆见巫王。两个年轻人自此仗剑江湖，行侠仗义，又从中引出了许多儿女情长，悲欢离合的纠葛，不过这就是属于他们的另外一个故事了。